BMBF-Projekt zur Abschätzung der regionalen Kohlenstoffbilanz von mitteleuropäischen Wäldern unter dem Aspekt des Globalen Wandels, Detailuntersuchungen im Parthe-Einzugsgebiet (1999)
BMBF-Projekt „GLOWA Elbe“ zur integrierte Analyse der Auswirkungen des Globalen Wandels auf die Umwelt und die Gesellschaft im Elbegebiet, Teilprojekt Unstrut (Klöcking, 2002; Klöcking et al., 2003, 2005a; Pfützner & Klöcking, 2005)
BMBF-Verbundprojekt „Erstellung eines Management-Tools zur Wasserbewirtschaftung unter den Bedingungen bergbaubedingter salinarer Einträge im Einzugsgebiet der oberen und mittleren Unstrut“ im Rahmen des Forschungsschwerpunktes „Flussgebietsmanagement“ (Klöcking et al., 2002)
Wasser- und Stoffhaushalt einer sich verändernden Naturlandschaft im Nationalpark Bayerischer Wald im Rahmen der High-Tech-Offensive Bayern, Teilprojekt 33-7 (Klöcking et al., 2004, 2005)
Integrale Planung von Erstaufforstungen zur Minderung der Hochwassergefahr im Einzugsgebiet Fließgewässer 3. Ordnung – Beispielsgebiet „Die Paar im Gemeindebereich Geltendorf“ (Binder et al., 2006)
Wasserhaushaltssimulationen in Kopplung mit Grundwasserströmungsmodellen in Berlin, Brandenburg, Sachsen und Sachsen-Anhalt (z.B. Pfützner et al., 2006; Mey et al. 2008)
Wasserhaushaltssimulationen in 6 Alpentälern der Brenner-Region im Auftrag der Dr. Rietzler & Heidrich GmbH (Brennertunnel-Projekt, 2006)
Auswirkungen des Borkenkäferbefalls auf den Wasser- und Stoffhaushalt des Einzugsgebietes Forellenbach (UBA-ECE/IM-Projekt, 2005-2007)
Modellgestützte Ermittlung von Abflusskomponenten für Wasserkörper des Landes Sachsen-Anhalt im Auftrag des Landesbetriebes für Hochwasserschutz und Wasserwirtschaft des Landes Sachsen-Anhalt (2006-2007)
Aktualisierung der Abflusssynthese der mittleren Abflüsse bis zum Jahr 2005 für das Land Brandenburg im Auftrag des Ministeriums für Landwirtschaft, Umweltschutz und Raumplanung des Landes Brandenburg (2007)
„Bodenatlas Sachsen – Auswirkungen von Klimaänderungen auf den Bodenwasserhaushalt“ im Auftrag des Sächsischen Landesamtes für Umwelt und Geologie (2007-2008)
Überprüfung regionaler Klima- und Depositionsszenarien auf ihre Eignung für kleinräumige Modellierung im Nationalpark Bayerischer Wald (UBA-ECE/IM-Projekt, 2007-2008)
„Bodenatlas Sachsen – Ertragsauswirkungen des Klimawandels für verschiedene Böden“ im Auftrag der Sächsischen Landesanstalt für Landwirtschaft (2008)
Auswirkungen des Landschaftswandels auf den Gebietswasserhaushalt am Beispiel der Gemeinde Hinterzarten im Schwarzwald (2008-2009)
Entwicklung eines landesweit einheitlichen forstlichen Verfahrens zur Unterstützung des Landschaftswasserhaushaltes, AG: Landesbetrieb Forst Brandenburg & Landeskompetenzzentrum Forst Eberswalde (2008-2010)
KLIWA-Fallstudie Bayerischer Wald / Einzugsgebiet Ilz, Untersuchungen zum Grundwasserhaushalt mit dem Modell ArcEGMO – Abschätzung der Auswirkungen des Klimawandels auf Quellschüttungen und Niedrigwasserabflüsse, AG: Bayerisches Landesamt für Umwelt, Ref. 83 Hydrologie des Grundwassers, 08/2010-03/2011,
ReArMo – Entwicklung von Methoden zur modellgestützten Beschreibung von Nährstoffeinträgen ins Grundwasser, LfULG Sachsen in ARGE mit INL Halle und IHU Nordhausen (2010-2013)
Regionale Modellstudien zur detaillierten Simulation der Nährstoffströme in Problemgebieten, Landesumweltamt Brandenburg (2009-2011)
Stabilisierung der Grundwasserverhältnisse in der Lieberoser Hochfläche, Landesumweltamt Brandenburg (2009-2011)
Veränderung der Sickerwasserraten bei Errichtung des Solarparks Reichertskreuzer Heide, gerstgraser – Ingenieurbüro für Renaturierung (2011)
Durchführung einer Untersuchung zu den Folgen des Klimawandels in Sachsen-Anhalt (LAU, 2011-2012)
Forschungsprojekt KLIWES (Sächsisches Landesamt für Umwelt, Landwirtschaft und Geologie, 2008-2013)